吴郡（今江苏苏州市）人。父薛铠，字良武，府学诸生，弘治中以明医征为太医院医士，以子已故赠院使。治疾多奇中，以儿科及外科见长。薛氏得家传，原为疡医，后以内科擅名。1506年，薛已补为太医院院士；1511年，经外差初考考满，升任吏目；1514年，升御医；1519年，任南京太医院院判；1530年，以奉政大夫南京太医院院使致仕。薛己离职后，不辞辛苦，常远到嘉兴、四明、下堡、横金等处行医。薛氏勤于著述。

薛氏著述大致有三类，一类是他自己的著述，有内科摘要2卷，妇科撮要2卷，过庭新录（一名保婴金镜录）1卷，外科发挥8卷，外科新法7卷，外科枢要4卷，正体类要2卷，口齿类要1卷，疬疡机要3卷，外科经验方1卷。内科摘要是我国第一次以内科命名学科及书名者。疬疡机要是麻风专著；正体类要是正骨科专书；口齿类要是口腔和喉科专著，都是现存最早的专科文献。

第二类是经他校注和增补的著作，有宋代陈自明妇人良方大全24卷、外科精要3卷；宋代钱乙小儿药证直诀3卷；宋代陈文中小儿痘疹方论1卷，王纶明医杂着6卷；倪维德原机启微3卷；薛铠保婴撮要20卷。薛氏校书，常附以己见和医案。如对妇人大全良方，增加候胎、疮疡两门，附有个人治验和方剂，对原机启微，也有增补。

第三类纯属校刊性质。有滑寿十四经发挥3卷，杜本敖氏伤寒金镜录1卷，徐用诚本草发挥4卷，陶华痈疽神秘验方1卷。

薛氏重视脾胃与肾命，主张人以脾胃为本，临证多用甘温益中、补土培元等法。