自号参黄子。安徽歙县人。出身儒门，祖父元昌、父之韬，“俱修德而隐者”。叔祖吴正伦，堂叔吴行简，俱当地名医，15岁考举人未中，“投举子笔，专岐黄业”。家藏医书颇丰。吴氏“日夕取诸家言遍读之”，随邑人余午亭习医，渐有成，余勉其出游。遍历三吴、江浙、荆襄、燕赵等地，师医道贤于己者，由是医学大进，兼之热心治病救人，声名很快传播开来。

吴氏著有医方考（1584）、脉语2卷（1584）、黄帝内经素问吴注24卷（1594）、针方六集6卷（1618）。另有十三科证治、参黄论）、药纂、砭考，已佚。

素问吴注对素问进行疏解，先简述大意，再分段注释。取譬形象，说理透彻，密切联系临床，深受欢迎。

医方考系方书，按病证分24门，每门下收方若干首，共收方剂700余首。脉语阐述了取脉方法、三部九候、生理和病理脉象、妇女小儿脉象特点等。对太素脉持批判态度。明确规定了病案书写格式。针方六解强调针药并行。