原书早佚，但其有关内容仍可从后世的大观本草、政和本草中窥知。陶弘景本草经集注的内容，365种系陶弘景录自名医别录。

名医别录原书的收药数目，应该在730种以上，因为这一数目是陶弘景在编录成二部独立的著作时筛选出来的，当时可能摒弃了一部分主观上认为不用的药物。从药物的分类方法来看，仍然是本草经那种三品分类法，即按药物的治疗作用粗分上、中、下三品，同时在每一品之下，又粗略地将植物、矿物、动物等类药大致做了归类。

对每一种药，本书都载有其正名、性味、主治、别名（或一名）、用法、用量、药物形态、产地采集炮制法及七情畏恶等项目。这基本上与本草经是相同的。在名医别录中，个别药味之后己附有方剂，如说“露蜂房，合乱发、蛇皮三味合烧灰，酒服方寸匕，日二，治诸恶疽、附骨痈，根在脏腑，历节肿出，疔肿恶脉诸毒皆瘥，”这是本草著作中最早附有方剂的体例，为后世本草附方开创一个良好的实用开端。此外，名医别录中记载的药物主治功效，有一些已经超过本草经，如桂可发汗、百部根可止咳等等，都是本经所无，故此书对于研究汉魏六朝的本草学有较重要的实用价值。